Южно-Таджикская археологическая экспедиция (ЮТАЭ) была создана в 1972 году по инициативе директора Института востоковедения академика Б.Г. Гафурова (1908–1997) и Б.А. Литвинского. В работе принимали активное участие сотрудники отдела: Е.В. Антонова, Н.М. Виноградова, Б.А. Литвинский, И.Н. Медведская, И.Р. Пичикян, Д.С. Раевский, А.В. Седов, Т.П. Удыма, Л.А. Чвырь и сотрудники государственного Эрмитажа Е.В. Зеймель и Т.И. Зеймель.
Основная часть реставрационных работ в полевых и камеральных условиях осуществлялись реставрационной лабораторией Института истории им. А Дониша (зав. лабораторией Л.П. Новикова). В реставрации настенной живописи принимал участие В.М. Соколовский (Государственный Эрмитаж), Шемаханская М.С. (ВНИИ реставрации).
Экспедиция работала с 1972 по 1991. После известных политических событий работы были приостановлены. Сейчас археологические работы в Таджикистане продолжаются, хотя и в гораздо меньших масштабах. Вместе с таджикскими и немецкими археологами в Таджикистане работает сотрудница отдела Н.М.Виноградова.
Многие из раскопанных памятников имеют исключительное значение — храм Окса на городище Тахти-Сангин, Калаи-Кафирниган, Аджина-тепа. Особый интерес представляют предметы искусства. После каждого полевого сезона найденное оставалось в Таджикистане, а для дальнейшей работы и исследований в Москву привозились чертежи, рисунки, дневники, фото, негативы.
Список самых известных памятников, раскопанных экспедицией в Таджикистане:
• Аджина-тепа (1972–1975 — завершение начатых раскопок 1960 года).
• Тахти-Сангин — Храм Окса (1975–1991)
• Калаи-Кафирниган (1974–1980)
• Тепаи-шах (1972–1975)
• Могильники Бешкентской долины (1973–1976)
• Поселение Ак-Тепа I и Ак-Тепа II (1972, 1976–1970)
• Узункский клад (1968)
• Саксан-Охур (1977)
• Кафыр-кала (1977–1990)
• Тандырйул (раскопки продолжаются)
• Гелот и Дайнарчи (раскопки продолжаются)
• Фархор (раскопки продолжаются)
